Fakhruddin yang lahir di Yogyakarta 1890 dianggap sebagai seorang tokoh yang serba bisa. Karena itu, silih berganti tugas penting diserahkan kepadanya, antara lain mengurus bagian dakwah, bagian taman pustaka, dan bagian pengajaran. Tahun 1921 ia diutus ke Mekah selama 8 tahun untuk meneliti nasib para jemaah haji yang berasal dari Indonesia karena mereka seringkali mendapat perlakuan kurang baik dari pejabat-pejabat Mekah.
Setelah selesai mengemban tugas di tanah suci, Mekah, beliau memprakarsai pembentukan Badan Penolong Haji. Selain itu, ia pernah pula diutus ke Kairo sebagai wakil umat Islam Indonesia untuk menghadiri Konferensi Islam.
Kesibukannya mengurus Muhammadiyah dan usahanya, membuatnya kurang memperhatikan kesehatannya. Menjelang kongres Muhammadiyah di Yogyakarta pada tahun 1929, ia jatuh sakit.
KH Fakhruddin wafat pada tanggal 28 Februari 1929, di Yogyakarta dan dikebumikan di Pakuncen, Yogyakarta. KH. Fakhruddin dinobatkan sebagai Pahlawan Kemerdekaan Nasional pada 26 Juni 1964 atas Keppres No. 163 Tahun 1964.