Setelah menamatkan Sekolah Dasar di Depok, Bogor, ia melanjutkan pelajaran ke STOVlA (Sekolah Dokter) di Jakarta dan tamat pada tahun 1924. Setelah itu ia bekerja sebagai dokter di CBZ (sekarang Rumah Sakit Umum Cipto Mangunkusumo) Jakarta bagian penyakit menular. Dari situ ia dipindahkan ke Tenggarong (Kalimantan Timur), kemudian ke Surabaya sampai tahun 1935. Sesudah itu, ia bertugas di Tapanuli, mula-mula di Padang Sidempuan, kemudian di Sibolga.
Pada masa pendudukan Jepang, ia diangkat menjadi dokter pengawas kesehatan romusya. Dengan perasaan sedih ia menyaksikan bagaimana sengsaranya nasib para romusya yang dipaksa membuat benteng di Teluk Sibolga. Karena itu, ia melancarkan protes terhadap pemerintah Jepang. Akibatnya, ia dicurigai dan termasuk dalam daftar orang terpelajar Tapanuli yang akan dibunuh oleh Jepang. Ia terhindar dari bahaya maut sebab berhasil menyelamatkan nyawa seorang Tentara Jepang yang jatuh dari kendaraan.
Pada tahun 1943 ia diangkat menjadi ketua Syu Sangi Kai (Dewan Perwakilan Daerah) Tapanuli di samping anggota Cuo Sangi In. Pada masa awal Revolusi ia merupakan tokoh penting di Tapanuli. Pada bulan Oktober 1945 ia diangkat menjadi Residen Tapanuli. Sebagai Residen, ia menghadapi saat-saat sulit ketika daerah Tapanuli dilanda pertentangan bersenjata antara sesama pasukan RI yang datang dari Sumatera Timur setelah daerah itu jatuh ke tangan Belanda dalam Agresi Militer I Belanda. Tetapi Tobing berpendirian tegas dan tidak mudah digertak. Dalam Agresi Militer II Belanda, ia diangkat menjadi Gubernur Militer Tapanuli dan Sumatera Timur Selatan. la memimpin perjuangan gerilya di hutan-hutan, naik gunung turun gunung.
Setelah pengakuan kedaulatan, ia ditawari untuk menjadi Gubernur Sumatera Utara, tetapi tawaran itu ditolaknya. Dalam Kabinet Ali I ia diangkat menjadi Menteri Penerangan Jabatan lainnya Menteri Urusan Hubungan Antar Daerah dan terakhir Menteri Negara Urusan Transmigrasi.
Dr. Ferdinand Lumbantobing meninggal di Jakarta, 7 Oktober 1962 pada umur 63 tahun, pemerintah Republik Indonesia meminta kepada keluarga agar almarhum dimakamkan di Taman Pahlawan, Kalibata, Jakarta. Oleh pihak keluarga menyebut jasad Ferdiand Lumbantobing dimakamkan di kampung halamannya Sibolga, sebagaimana pesan almarhum.
Atas jasa-jasanya, banyak jalan yang disebut Jalan Prof Dr Ferdinand Lumbantobing. Termasuk di Sibolga namanya diabadikan sebagai nama satu rumah sakit negeri.