Ia memperoleh Satya Lencana Pengabdian 17 tahun dari Presiden RI tahun 2004. Mengajar bidang hukum tata negara pada Program S1/S2 maupun International Undergraduate Program di Fakultas Hukum UGM.
Ia adalah anggota majelis Dewan Kehormatan Pusat Perhimpunan Advokat Indonesia (PERADI, sejak 2008), anggota Dewan Penasihat CSIS Jakarta (sejak 2007), Widyaisywara Sesdilu (2006-2008, tentang Indonesia’s constitutional development), dan anggota Komisi Hukum Nasional RI (sejak 2000).
Pengalaman pernah menjadi anggota Panitia Seleksi Calon Pimpinan Komisi Pemberantasan Korupsi (2007), National Consultant (Reviewer) of Danida Program Support to KPK (Kedubes Denmark, 2006), anggota Komisi Konstitusi (MPR-RI, 2003–2004), Wakil Dekan Bidang Akademik FH UGM (2001-2004), National Governance Advisor (1998-1999) dan Justice Sector Reform Advisor (2000) pada kantor UNDP (United Nations Development Programme) di Jakarta.
Ia Juga punya pengalaman menjadi narasumber / pemakalah dan memberikan ceramah/kuliah pada berbagai fora internasional seperti: Regional Conferences on Ethics in the Leadership (St. James Ethics Center, Sydney, 1999-2009), Asian Forum for Constitutional Law at Seoul National University (Seoul, Oktober 2005), Annual Symposium of the Law and Society Association (Vancouver, 2002), Asian Science Seminar at Kyushu University Law School (Fukuoka, Jepang, November 2002), Harvard Colloquium on International Affairs (Boston, Mei 2001), Partnership for Democratic Governance and Security (Buenos Aires, April 2000).
Fajrul yang juga dikenal dekat dengan Gus Dur ini pernah menjadi Ketua PB PMII. Dia juga seorang guru besar di UGM dan dikenal sebagai ahli konstitusi.
Fajrul Falaakh menghembuskan nafas terakhirnya di Rumah Sakit Harapan Kita Jakarta pukul 13.10 WIB, Rabu (12/2/2014) akibat serangan jantung. Beliau meninggalkan seorang istri yakni Ratih Hardjono dan dua orang putra.