Setelah bangkrutnya VOC pada tahun 1799, aset-aset VOC di Hindia Belanda diserahkan kepada pemerintahan Belanda, sehingga mulai saat itu seorang Gubernur Jenderal benar-benar menjadi wakil daripada pemerintahan Belanda.
Jabatan Gubernur Jenderal hanya ada di jajahan Belanda di Hindia Belanda. Di Suriname, jajahan Belanda yang lain, gelar ini hanya Gubernur saja.
Gubernur-Jendral Hindia Belanda yang terakhir adalah Jhr A.W.L. Tjarda van Starkenborgh Stachouwer. Ia ditangkap oleh pasukan Jepang pada tahun 1942. Setelah dia masih ada satu pejabat Belanda lagi yang memakai gelar Gubernur Jenderal yaitu H.J. van Mook. Tetapi apakah ia juga seorang Gubernur Jenderal secara legal diragukan.
Banyak yang kadang keliru menganggap Jan Pieterszoon Coen adalah Gubernur Jenderal VOC yang pertama di Oost Indiё. Memang ia yang mendirikan kota Batavia pada 30 Mei 1619, setelah mengalahkan pasukan Inggris yang bersekutu denganvasal kerajaan Banten pimpinan Pangeran Jayawikarta. Namun demikian Coen adalah gubernur Jenderal VOC yang ke-4 di Oost Indiё.
Daftar berikut ini memuat nama-nama Penguasa Hindia Belanda dari masa VOC, pemerintahan Kerajaan Belanda, pemerintahan Kerajaan Inggris hingga masa pendudukan Kekaisaran Jepang dan pengakuan kedaulatan Republik Indonesia. Di masa VOC dan penjajahan pemerintahan Kerajaan Belanda, para penguasa ini biasanya memiliki gelar Gubernur-Jenderal. Pada masa kekuasaan pemerintahan Kerajaan Inggris (1811-1816), jabatan ini disebut Lieutenant-Governor ("Gubernur-Letnan").
Daftar Gubernur
| No. | Nama | Foto | Memulai Jabatan | Mengakhiri Jabatan | Keterangan | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Masa VOC (1610-1799) | ||||||
| 1. | Pieter Both | 19 Desember1610 | 6 November1614 | |||
| 2. | Gerard Reynst | 7 November1614 | 1615 | |||
| 3. | Laurens Reael | 1615 | 20 Mei 1619 | |||
| 4. | Jan Pieterszoon Coen | 25 Oktober 1617(diangkat) 30 April 1618(dikonfirmasikan) 21 Mei 1619(resmi) | 31 Januari1623 | |||
| 5. | Pieter de Carpentier | 1 Februari 1623 | 30 September1627 | |||
| 6. | Jan Pieterszoon Coen | 3 Oktober 1624(diangkat) 30 September1627 (resmi) | 21 September1629 | |||
| 7. | Jacques Specx | 22 September1629 | 17 April 1632 | |||
| 8. | Hendrik Brouwer | 18 April 1632 | 1 Januari1636 | |||
| 9. | Antonio van Diemen | 1 Januari 1636 | 19 April 1645 | |||
| 10. | Cornelis van der Lijn | 19 April 1645 10 Oktober 1646(resmi) | 7 Oktober1650 | 1645: Sementara menggantikan Antonio van Diemen yang meninggal dunia. | ||
| 11. | Carel Reyniersz | 26 April 1650(diangkat) 8 Oktober 1651(resmi) | 19 Mei 1653 | |||
| 12. | Joan Maetsuycker | 19 Mei 1653 | 1678 | |||
| 13. | Rijckloff van Goens | 1678 | 24 November1681 | |||
| 14. | Cornelis Speelman | 25 November1681 | 11 Januari1684 | |||
| 15. | Johannes Camphuys | 11 Januari 1684 | 24 September1691 | |||
| 16. | Willem van Outhoorn | 17 Desember1690 (diangkat) 24 September1691 (resmi) | 14 Agustus1704 | |||
| 17. | Joan van Hoorn | 15 Agustus 1704 | 29 Oktober1709 | |||
| 18. | Abraham van Riebeeck | 30 Oktober 1709 | 17 November1713 | |||
| 19. | Christoffel van Swol | 17 November1713 | 12 November1718 | |||
| 20. | Hendrick Zwaardecroon | 13 November1718 10 September1720 (resmi) | 7 Juli 1725 | 1718: Sementara menggantikan Christoffel van Swol yang meninggal dunia. | ||
| 21. | Mattheus de Haan | 16 Oktober 1724(diangkat) 8 Juli 1725(resmi) | 1 Juni 1729 | |||
| 22. | Diederik Durven | 1 Juni 1729 | 28 Mei 1732 | |||
| 23. | Dirk van Cloon | 28 Mei 1732 | 10 Maret1735 | |||
| 24. | Abraham Patras | 11 Maret 1735 | 3 Mei 1737 | |||
| 25. | Adriaan Valckenier | 3 Mei 1737 | 6 November1741 | |||
| 26. | Johannes Thedens | 6 November1741 | 28 Mei 1743 | |||
| 27. | Gustaaf Willem baron van Imhoff | 29 Mei 1743 | 1 November1750 | |||
| 28. | Jacob Mossel | 1 November1750 | 15 Mei 1761 | |||
| 29. | Petrus Albertus van der Parra | 15 Mei 1761 | 28 Desember1775 | |||
| 30. | Jeremias van Riemsdijk | 28 Desember1775 | 3 Oktober1777 | |||
| 31. | Reinier de Klerk | 4 Oktober 1777 9 Oktober 1778(resmi) | 1 September1780 | 1777: Sementara menggantikan Jeremias van Riemsdijkyang meninggal dunia. | ||
| 32. | Willem Arnold Alting | Maret 1780(pejabat sementara) 1 September1780 (resmi) | 17 Februari1797 | |||
| 33. | Pieter Gerardus van Overstraten | 16 Agustus 1796(diangkat) 17 Februari 1797(ambil alih) 22 Januari 1798(resmi) | 31 Desember1799 | Pada masa pemerintahannya terjadi peralihan kekuasaan dari VOC ke pemerintahan Kerajaan Belanda di bawah kekuasaan Napoleon Bonaparte. | ||
| Masa kekuasaan Perancis/Belanda (1800-1811) ( Di bawah kekuasaan Napoleon dari Perancis ) | ||||||
| 33. | Pieter Gerardus van Overstraten | 1 Januari 1800 | 22 Agustus1801 | |||
| 34. | Johannes Siberg | 22 Agustus 1801 22 Agustus 1802(resmi) | 1805 | 1801: Sementara menggantikan Pieter Gerardus van Overstraten yang meninggal dunia. | ||
| 35. | Albertus Hendricus Wiese | 1805 | 4 Januari1808 | |||
| 36. | Herman Willem Daendels | 5 Januari 1808 | 15 Mei 1811 | |||
| 37. | Jan Willem Janssens | 11 November1810 (diangkat) 15 Mei 1811(resmi) | 18 September1811 | Ia ditangkap oleh tentara Kerajaan Inggris pada pertempuran di Buitenzorg (sekarang Bogor) pada tanggal 18 September1811 yang secara otomatis mengakhiri kekuasaannya atas wilayah Hindia Belanda. | ||
| Masa kekuasaan Inggris (1811-1816) | ||||||
| 38. | Lord Minto | 18 September1811 | 1811 | |||
| 39. | Thomas Stamford Raffles | 1811 | 11 Maret1816 | |||
| 40. | John Fendall | 11 Maret 1816 | 15 Agustus1816 | Pada masa pemerintahannya terjadi pengambilalihan kembali kekuasaan atas wilayah Hindia Belanda antara Kerajaan Inggris dengan Kerajaan Belanda, yang diwakili oleh dirinya (sebagai wakil dari Kerajaan Inggris) kepada G.A.G.Ph. van der Capellen (sebagai wakil dari Kerajaan Belanda). | ||
| Masa kekuasaan Belanda kedua (1816-1949) | ||||||
| 41. | G.A.G.Ph. van der Capellen | 16 Agustus 1816(ambil alih) 19 Agustus 1816(resmi) | 1 Januari1826 | |||
| 42. | Leonard Pierre Joseph du Bus de Gisignies | 2 Januari 1826(diangkat) 4 Februari 1826(resmi) | 16 Januari1830 | |||
| 43. | Johannes van den Bosch | 17 Januari 1830 | 1833 | |||
| 44. | J.C. Baud | 1833 | 1836 | |||
| 45. | Dominique Jacques de Eerens | 1836 | 1840 | |||
| 46. | C.S.W. van Hogendorp | 1840 | 1841 | |||
| 47. | P. Merkus | 1841 | 1844 | |||
| 48. | Jan Cornelis Reijnst | 1844 | 1845 | |||
| 49. | Jan Jacob Rochussen | 1845 | 1851 | Pada 28 September 1849, ia datang ke Pengaron diKesultanan Banjar guna meresmikan pembukaan tambang batu bara milik pemerintahan Hindia Belanda yang pertama yang dinamakan "Tambang Batu Bara Oranje-Nassau Bentang Emas". | ||
| 50. | A.J. Duymaer van Twist | 1851 | 1856 | |||
| 51. | Charles Ferdinand Pahud | 1856 | 1861 | |||
| 52. | Ary Prins | 1861 | 1861 | Gubernur-Jenderal sementara. | ||
| 53. | Ludolph Anne Jan Wilt Sloet van de Beele | 1861 | 1866 | |||
| 54. | Ary Prins | 1866 | 1866 | Gubernur-Jenderal sementara. | ||
| 55. | Pieter Mijer | 1866 | 1872 | |||
| 56. | James Loudon | 1872 | 1875 | |||
| 57. | J.W. van Lansberge | 1875 | 1881 | |||
| 58. | Frederik s'Jacob | 1881 | 1884 | |||
| 59. | Otto van Rees | 1884 | 1888 | |||
| 60. | Cornelis Pijnacker Hordijk | 1888 | 1893 | |||
| 61. | Carel Herman Aart van der Wijck | 1893 | 1899 | |||
| 62. | Willem Rooseboom | 1899 | 1904 | |||
| 63. | Johannes Benedictus van Heutsz | 1904 | 1909 | |||
| 64. | A.W.F. Idenburg | 1909 | 1916 | |||
| 65. | Johan Paul van Limburg Stirum | 1916 | 1921 | |||
| 66. | Dirk Fock | 1921 | 1926 | |||
| 67. | Andries Cornelis Dirk de Graeff | 1926 | 1931 | |||
| 68. | Bonifacius Cornelis de Jonge | 1931 | 1936 | |||
| 69. | A.W.L. Tjarda van Starkenborgh Stachouwer | 1936 | 1942 | |||
| 70. | Hubertus Johannes van Mook | 1942 | 28 Oktober1948 | Semenjak pendudukan wilayah Hindia Belanda oleh tentaraKekaisaran Jepang, praktis sejak saat itu pula kaum penguasa Belanda tidak lagi memiliki otoritas dalam menjalankan kekuasaannya. | ||
| 71. | Louis Joseph Maria Beel | 29 Oktober 1948 | 18 Mei 1949 | Sebagai Komisaris Tinggi atau dalam bahasa Belanda: "Hoge Commissaris". | ||
| 72. | A.H.J. Lovink | 19 Mei 1949 | 27 Desember1949 | Sebagai Komisaris Tinggi atau dalam bahasa Belanda: "Hoge Commissaris". | ||
_GG_Ned_Indie.jpg){kind=link}
